棘皮动物线粒体基因组研究进展          下载免费PDF全文

孙景贤  赵谭军  尹文露  刘丽  常亚青  湛垚垚 《海洋通报》2021,(1)

线粒体基因组是存在于真核生物线粒体中的重要遗传物质,可独立进行复制、转录和蛋白质合成。与核基因组相比,线粒体基因组具有长度相对较短、点突变率高等特点,被认为是研究生物系统进化的重要对象之一。近年来,在海洋生物研究中,线粒体基因组已被广泛应用于遗传分析、种质鉴定、分子标记挖掘以及系统进化研究等领域并取得了丰富的成果。棘皮动物在全球海洋中分布广泛,属无脊椎动物的高等类群,也是无脊椎动物向脊椎动物进化的重要节点生物。目前已有 97 个物种完成了线粒体基因组的测序。棘皮动物的线粒体基因组包含 37 个基因,其中 ND6 基因均分布于轻链。海胆和海星的基因排列顺序最为保守。棘皮动物在绝大多数情况下会使用 ATG 作为起始密码子,使用 TAA 和 TAG 作为终止密码子。根据现有的线粒体基因组数据和分析方法可以阐明绝大多数棘皮动物的分类与系统进化关系,但仍有一些物种的分析结果缺乏足够的可信度。棘皮动物线粒体基因组研究尚有很多方面仍需进一步开展。  相似文献   

Conus pennaceus: a phylogenetic analysis of the Mozambican molluscan complex     

《African Journal of Marine Science》2013,35(3):591-599

The genus Conus has over 500 species and is the most species-rich taxon of marine invertebrates. Based on mitochondrial DNA, this study focuses on the phylogenetics of Conus, particularly the pennaceus complex collected along the Mozambican coast. Phylogenetic trees based on both the 16S and the 12S ribosomal genes grossly revealed the same groupings: one that clustered the individuals from the north (Pemba, Nacala and Island of Mozambique), another that grouped the individuals from the central/southern coast (Pomene/Massinga and Inhambane) and a third that assembled the specimens from the central/southern islands (Bazaruto and Inhaca). The 16SrRNA-based trees further distinguished the northern group into a Nacala group and a Pemba+Island of Mozambique group. In all trees, C. p. bazarutensis and C. lohri collected on the central/southern islands grouped separately from the C. p. bazarutensis and C. lohri collected on the central/southern coast, suggesting a genetic similarity between these species. Likewise, C. praelatus revealed greater proximity to C. pennaceus from Pemba. Although different topologies were produced by each gene (low bootstrap support in some nodes), we support the hypothesis of a southward ancestral colonisation pattern, indicated by the 16SrRNA trees. The common ancestor would have shifted from planktonic to non-planktonic larval development and this weak vagility would have promoted the divergence between north and south specimens. Our results suggest that the separation of these groups might have been a relatively recent event, and part of the current morphological variability could be the outcome of phenotypic plasticity and/or ecological adaptation.  相似文献   

Deja vu? A second mytilid mussel,Semimytilus algosus,invades South Africa's west coast     

《African Journal of Marine Science》2013,35(3):307-313

A second marine mussel is shown to have invaded South Africa's west coast. Molecular techniques, based on intraspecific gene sequence divergences, prove its identity as Semimytilus algosus, a member of the family Mytilidae, native to Chile. The identity of an older introduced population found in Namibia is also confirmed. The present geographic range of S. algosus in South Africa extends some 500 km, from Groenriviersmond in the north to Bloubergstrand in the south. Together with Mytilus galloprovincialis, another previously established invasive mussel, S. algosus has become a dominant intertidal organism on wave-exposed rocky shores across this region. Both species are now much more abundant intertidally than either of the indigenous mussels Aulacomya ater and Choromytilus meridionalis, which have become largely confined to sublittoral and sand-inundated habitats respectively. The two invasive mussels display strong spatial segregation, with M. galloprovincialis dominating the midshore and S. algosus blanketing the lower shore. Through a combination of its small size and high abundance, S. algosus is likely to greatly increase food availability for a range of intertidal predators, many of which cannot consume mussels above a threshold size.  相似文献   

基于线粒体COI基因序列探讨鸭嘴舌形贝地理分布     

吴恋娟  盛桂莲  赖旭龙  侯新东  袁俊霞 《地质科技情报》2010,29(1)

从河北秦皇岛采集的用无水乙醇保存的鸭嘴舌形贝(Lingula anatina)样品中提取了DNA,经PCR扩增后进行克隆,得到了2条长度为682 bp的线粒体细胞色素C氧化酶第I亚基(COI)基因片段。调用GenBank中日本有明海和中国香港的鸭嘴舌形贝同源序列,用邻接法和贝叶斯法构建了系统发育树,结果表明:秦皇岛地区的鸭嘴舌形贝与日本有明海的鸭嘴舌形贝形成姊妹群,具有较近的亲缘关系,与香港的鸭嘴舌形贝亲缘关系较远。初步分析认为西太平洋地区鸭嘴舌形贝现有的地理分布并不是由浮游幼虫的扩散引起的,不同地区鸭嘴舌形贝的差异可能跟地理隔离有关。  相似文献   

海南万泉河口尖鳍鲤线粒体基因组测序与结构特征分析          下载免费PDF全文

蒙雨  宋一清  谢青颖  蔡杏伟  张清凤  董杨  李芳远  谢松光  申志新 《海洋科学》2023,47(11):66-78

为了解海南尖鳍鲤(Cyprinus acutidorsalis)线粒体基因组结构特征及其与鲤科(Cyprinidae)鱼类的进化关系, 本文通过二代测序获得海南万泉河口尖鳍鲤线粒体基因组全序列, 并对结构特征进行分析, 结果显示具有典型的环状闭环双链分子, 全长16 581 bp, 碱基组成为A (31.96%)、G(15.69%)、C(27.53%)和T(24.82%), 包含13个蛋白质编码基因(protein-coding genes, PCGs)、2个rRNA基因、22个tRNA基因和1个可变控制区D环。对碱基含量分析发现尖鳍鲤的碱基组成中具有较高AT含量的偏向性, 13个PCGs中有不少的偏好性密码子, 如CGA(RSCU>3.506)、CCA(RSCU>2.208)等。除tRNA^Gln、tRNA^Ala、tRNA^Asn、tRNA^Cys、tRNA^Leu(CUN)、tRNA^Tyr、tRNA^Ser(UCN)、tRNA^Pro和ND6外, 其余基因的排列于H链上。比较海南与广西海域尖鳍鲤线粒体基因组发现, 两者PCGs相似性在96%~100%, ND4、CO II、Cytb基因在起始位置、长度以及起始密码子存在不同程度的差异。另外, 将与尖鳍鲤同属的的鲤(C.carpio)、鲫(C.auratus)的13个PCGs进行两两比较表明, 3种鲤属鱼类的PCGs相似性在85%~99%。通过与其他鲤科鱼类的线粒体基因组序列构建系统发育树, 发现尖鳍鲤和鲤亲缘关系最近。本研究结果有助于理解不同鲤科鱼类的亲缘关系, 为尖鳍鲤线粒体进化分析和种质资源研究提供参考依据。  相似文献   

东海原甲藻线粒体细胞色素b(Cytb)基因的定量检测   总被引：3，自引：0，他引：3  

赵丽媛  于志刚  甄毓  米铁柱 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2009,39(3)

建立了检测东海原甲藻线粒体细胞色素b(Cytb)基因mRNA含量的实时荧光定量PCR方法.以甲藻Cytb基因的简并引物扩增得到984 bp长的东海原甲藻Cytb基因片段,经克隆、测序,制备并纯化质粒.以光度法测定质粒浓度并作为标准品.对上述基因片段,利用PRIMER EXPRESS 3.0 设计引物,以梯度稀释的质粒标准品进行定量PCR反应,以SYBR Green I为荧光染料,制作标准曲线,得到基因拷贝数X与Ct值的关系为:Ct=-3.50 lg X+39.35(相关系数r为0.999).通过对不同生长时期的东海原甲藻样品的Cytb基因mRNA含量检测,发现该基因的表达量较稳定,平均值为(45.4±4.7)拷贝/细胞,受生长状态影响不大,可作为实时荧光定量PCR的内参基因.  相似文献   

福建沿海巨蛎属牡蛎的主要种类及其分布   总被引：4，自引：0，他引：4  

杜玄  郭希明  钱鲁闽 《台湾海峡》2009,28(3):399-404

本实验采用了多重种类特异性PCR（multiplex species—specific PCR）技术，研究了巨蛎属（Crassostrea）牡蛎主要种类在福建沿海的分布．从沿海11个采样地点共采集了657个野生牡蛎样本，随机抽取了327个牡蛎样本进行基因组DNA的提取和线粒体COI基因的鉴定，结果发现200个个体为葡萄牙牡蛎（Crassostrea angulata），101个个体为近江牡蛎（Crassostrea ariakensis），20个个体为熊本牡蛎（Crassostrea sikamea），6个个体为香港巨牡蛎（Crassostrea hongkongensis）．此次实验中未发现长牡蛎（Crassostrea gigas）．结果表明，福建沿海有葡萄牙牡蛎、近江牡蛎、熊本牡蛎和香港巨牡蛎4种巨蛎属牡蛎分布．  相似文献   

缢蛏六群体线粒体DNA-COI基因序列变异及群体遗传结构分析   总被引：7，自引：0，他引：7       下载免费PDF全文

牛东红  李家乐  沈和定  姜志勇 《海洋学报》2008,30(3):109-116

利用线粒体DNA细胞色素氧化酶亚基(COI)基因序列片段对江浙闵沿海地区缢蛏三个野生群体(江苏射阳-WS、浙江象山-WX,福建霞浦-WP)和三个养殖群体(江苏射阳-CS、浙江象山-CX、福建焦城-CJ)的遗传结构进行初步分析.以特异引物进行PCR扩增,经纯化、测序、同源序列比对获得长度为556bp的核苷酸序列,其中A+T含量为66.2%,显著高于G+C含量.在缢蛏六群体98个个体中共检测到了56个单倍型和66个核苷酸多态位点,多态位点比例为11.7%.野生群体的平均核苷酸差异数和核苷酸多样性指数略高于养殖群体,但是野生群体和养殖群体的单倍型多态性指数均大于0.9,其单倍型较为丰富.此外,六群体均有各自特有的单倍型,但只有射阳野生群体与其他群体无共享单倍型,具有鉴定该群体的特异碱基序列.遗传距离和聚类结果显示,养殖群体与象山野生群体和霞浦野生群体间亲缘关系较近.  相似文献   

线粒体基因片段在梭子蟹系统发育及物种鉴定中的应用   总被引：3，自引：0，他引：3       下载免费PDF全文

张姝  李喜莲  崔朝霞  王鸿霞  王春琳  刘小林 《海洋科学》2008,32(4):9-18

测定三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)9个个体COI基因部分序列467 bp,7个个体16S rRNA基因部分序列519 bp,同时测定样品蟹1个个体COI基因部分序列468 bp.结合GenBank中收集的梭子蟹科COJ,16S rRNA两个基因所有同源序列信息,使用Kimura双参数模型采用邻接法(NJ)、最大简约法(MP)构建梭子蟹科分子系统发育树;将样品蟹测得的COI基因序列和已知鲟属的其他蟹同源序列(429 bp)进行比对分析.结果分析表明:两个基因片段序列平均碱基AT数量分数都明显高于GC数量分数;梭子蟹属与美青蟹属关系最近,蟳属应为区别于梭子蟹属、美青蟹属、青蟹属的另一支,支持蟳属应划分在短桨蟹亚科的观点;根据遗传距离以及转换/颠换(R)值分析,判定出样品蟳为锐齿蟳.本试验运用线粒体基因片段探讨了梭子蟹类的系统发育关系以及样品蟹的种类鉴定,为线粒体基因片段在梭子蟹的物种鉴定和系统发育重建中的开发和利用提供重要参考.  相似文献   

Recent moon jelly (Aurelia sp.1) blooms in Korean coastal waters suggest global expansion: examples inferred from mitochondrial COI and nuclear ITS-5.8S rDNA sequences     

Ki  Jang-Seu; Hwang  Dae-Sik; Shin  Kyoungsoon; Yoon  Won Duk; Lim  Donghyun; Kang  Young Shil; Lee  Yoon; Lee  Jae-Seong 《ICES Journal of Marine Science》2008,65(3):443-452

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